Có khoảng 14 chiếc Ju 88 còn sót lại, tuy nhiên chỉ có 2 chiếc là còn nguyên vẹn như mới sản xuất, còn lại đều đã được sửa chữa để trưng bày hoặc trục vớt để đặt trong bảo tàng… Một số khác bị bắn rơi và được đưa về nhà máy để sửa chữa.

• Ju 88D-1/Trop, Werk Nr.430650:

Ju 88D-1 là máy bay do thám được Đức Quốc xã chuyển cho không quân România. Hiện giờ nó được trưng bày ở National Museum, Mỹ. Vào ngày 22 tháng 7 năm 1943, nó bay đến Cyprus bởi một phi công người Romania-vì muốn thăm dò lực lượng Anh ở trên đảo. Một chiếc máy bay khác của Hungary cũng đi thăm dò lực lượng Anh này nhưng chiếc máy xấu số bị một số máy bay của Anh phát hiện và bắn hỏng. Còn chiếc Ju 88D-1 may mắn hơn thoát khỏi lực lượng này. Chiếc máy bay được cất giữ ở Arizona sau thế chiến II. Nó được bảo tàng mua lại vào năm 1960.

• Ju 88R-1, Werk Nr.360043:

Chiếc máy bay này bị rơi xuống Scotland vào tháng 5 tháng 1943. Tổ lái kĩ thuật của chiếc máy bay này có vấn đề, hai trong số ba người thuộc tổ lái là điệp viên Anh-đã nhận lệnh từ một chiếc máy bay khác của Anh nhằm cho chiếc Ju 88R-1 này bị bắn rơi. Cuối cùng, chiếc máy bay bị rơi xuống Scotland và bị lực lượng Anh bắt giữ. Việc bắt được Ju 88R-1 là rất có ích bởi vì người Anh có thể nghiên cứu bộ chống radar rất hữu hiệu của Đức Quốc xã là FuG 202 Liechtenstein BC A.I. Chiếc máy bay này sau đó được sơn lại màu của không quân hoàng gia Anh và tham gia chiến dịch Normandy với vai trò là máy bay đánh đêm và thăm dò. Phi vụ cuối cùng nó thực hiện là vào tháng 5 năm 1945. Sau thế chiến II, từ 1954-1955, nó được trưng bày ở Horseguards Parade. Nó được sửa chữa lại vào năm 1975 và chuyển đến trưng bày ở bảo tàng RAF vào tháng 8 năm 1978.